本发明公开了一种穴盘自动播种系统,包括播种装置,基质填充装置,基质补充机构,以及穴盘输送装置;播种装置包括往复振动式种箱,种盘装置,种盘平移驱动装置和滚轮支撑装置;种盘平移驱动装置包括纵向驱动机构和横向驱动机构,纵向驱动机构用于驱动取种板在取种工位和播种工位之间往复移动,横向驱动机构用于在播种工位驱动封种板开启或关闭取种孔.本发明穴盘自动播种系统,在取种过程中由于大量的种子在取种板上往复运动,因此取种效率高,且不易出现漏种问题;且在一块取种板处在播种过程中时,另一块取种板便处在接种状态,取种和播种同时进行,提高了播种效率.而且通过设置预填充盘,其还节约了基质填充时间,提高了填充效率.